Com Bourne afastado, a história gira em volta do agente Aaron Cross (Jeremy Renner) que, tal como o primeiro, passou pelo recrutamento Treadstone e é hoje um assassino de elite, treinado para matar.

Agora, ligado a eventos anteriormente vividos por Bourne, Cross descobre que aquele programa é apenas a ponta do icebergue de uma conspiração sem precedentes em que estão envolvidas personalidades governamentais e onde o que está em causa é a própria segurança dos EUA.