Timbuktu está mergulhada no silêncio, portas encerradas, ruas desertas. Já não há música, futebol nem cigarros. Acabaram-se as cores vivas e os risos, as mulheres tornaram-se sombras. Extremistas religiosos espalham o terror pela região.

Longe do caos, nas dunas, o Kidane leva uma vida tranquila com a mulher, a filha e o pequeno pastor Issan. A tranquilidade será curta. Ao matar acidentalmente o Amadou, o pescador que atacou a sua vaca preferida, o Kidane deve enfrentar a lei dos ocupantes determinados em derrotar um islão aberto e tolerante.

Face à humilhação e aos maus tratos perpetuados por esses homens complexos, «Timbuktu» conta o combate silencioso e digno de mulheres e homens, o futuro incerto das crianças e a luta pela vida…