Os mundos colidem quando Barry Allen (Ezra Miller) usa os seus super poderes para viajar no tempo por forma a alterar alguns eventos do passado. Mas quando a sua tentativa para salvar a sua família altera inadvertidamente o futuro, Barry fica preso numa realidade onde o General Zod (Michael Shannon) regressou, ameaçando o mundo de aniquilação e onde não existem super-heróis para salvar a humanidade.
Isto é, a menos que Barry consiga persuadir um Batman já reformado e muito diferente e salve um prisioneiro Kryptoniano, que não é exatamente quem ele gostaria que fosse. Para salvar o mundo onde se encontra e regressar ao futuro que conhece, a única esperança de Barry é fazer a corrida da sua vida. Mas será o sacrifício final suficiente para restaurar o universo?