Kubo vive uma vida normal e tranquila, numa pequena vila no Japão, com a sua mãe.

Até que um espírito vingativo do passado muda completamente a sua vida, ao fazer com que todos os tipos de deuses e monstros o persigam.

Agora, para sobreviver, Kubo terá de encontrar uma armadura mágica que foi usada pelo seu falecido pai, um lendário guerreiro samurai.