Decorrendo numa ilha ao largo da costa de Nova Inglaterra, no verão de 1965, Moonrise Kingdom conta a história de dois jovens, com 12 anos, que se apaixonam, fazem um pacto secreto e fogem juntos para um lugar selvagem.

Enquanto as diversas autoridades locais os tentam encontrar, uma violenta tempestade irrompe e a pacífica comunidade da ilha fica, a todos os níveis, virada do avesso.