Centrada na luxuosa cidade de Cheesebridge, a história tem como protagonistas os Boxtrolls, monstros vindos do esgoto que roubam da cidade o que ela tem de mais precioso: as suas crianças e queijos finos. Ou pelo menos é essa a lenda que se perpetua através dos tempos.

Na verdade, os Boxtrolls fazem parte de uma comunidade estranha e amável que usa caixas de papelões, como uma extensão natural de seus corpos. A paz dos adoráveis monstrinhos é ameaçada pelo vilão, o exterminador de pragas Archibald Snatcher, que almeja enfim ingressar na alta sociedade do lugar.

A solução está na mão da riquinha Winnie: só ela pode unir os dois mundos ao redor do queijo.