Os irmãos Templeton – Tim (voz de James Marsden) e o seu irmãozinho Boss Baby Ted (Alec Baldwin) – tornaram-se adultos e afastaram-se um do outro. Tim agora é um pai casado que fica em casa. Ted é um CEO. Mas um novo chefe com uma abordagem de vanguarda e uma atitude positiva está prestes a reuni-los novamente… e a inspirar uma nova empresa familiar.

Tim e a sua esposa, Carol (Eva Longoria), a ganha-pão da família, vivem nos subúrbios com sua filha superinteligente de 7 anos, Tabitha (Ariana Greenblatt), e a adorável nova criança Tina (Amy Sedaris). Tabitha, que está no topo da sua classe no prestigioso Acorn Center for Advanced Childhood, idolatra o seu tio Ted e quer tornar-se como ele, mas Tim, ainda em contato com a sua imaginação jovem e hiperativa, teme que ela esteja a trabalhar demais e a perder uma infância normal.

Quando a bebé Tina revela que é uma agente ultrassecreto da BabyCorp, numa missão para descobrir os segredos obscuros por trás da escola de Tabitha e o seu misterioso fundador, Dr. Edwin Armstrong, reunirá os irmãos Templeton de maneiras inesperadas, levando-os a reavaliar o significado da família e descobrir o que realmente importa.