Ambientado no contexto da era da Guerra Fria, em 1963, Elisa (Sally Hawkins), uma funcionária muda de um laboratório governamental de alta segurança, está presa a uma vida de silêncio e isolamento.

Mas a vida de Elisa irá mudar para sempre quando ela e a sua colaboradora Zelda (Octavia Spencer) descobrem uma experiência científica classificada como secreta, uma criatura anfíbia (Doug Jones).