Amin era menor quando chegou à Dinamarca sozinho, vindo do Afeganistão. Hoje, com 36 anos, é um académico de sucesso e está noivo do seu namorado de longa data. Mas esconde um segredo há mais de 20 anos, que começa a ameaçar arruinar a vida que construiu para si. Amin, pela primeira vez, partilha a sua história com um amigo chegado.

Um documentário feito na primeira pessoa, em jeito de entrevista, FLEE empurra os limites do género retratando a experiência de um refugiado através de uma animação, para apresentar um livro de memórias comoventes.