O pirata Alameda Jack (Antonio Banderas) consegue finalmente encontrar um livro mágico onde todos os planos malignos que escreve, tornam-se realidade.

Entretanto, ele precisa da última página do livro, que está de posse de Bob Esponja, no fundo do mar. Para recuperá-la, Alameda elabora um plano onde o habitat de Bob é destruído.

Agora é preciso salvá-lo a todo custo, ele e os amigos Patrick Star, Squidward Tentacles, Mr. Krabs e Plankton decidem buscar ajuda na superfície.