Enquanto trabalham numa instalação subterrânea para reparar uma conduta de água, os canalizadores naturais de Brooklyn, Mario e o seu irmão Luigi são transportados através de um tubo misterioso para um novo mundo mágico. Mas quando os irmãos são separados, Mario embarca numa missão épica para se reencontrar com o irmão.

Com a ajuda de Toad, um residente do Reino Cogumelo, e com algum treino da determinada governante do Reino Cogumelo, Princesa Peach, Mario desenvolve o seu próprio poder.