Num mosteiro remoto na Austrália dos anos 1940, uma missão para crianças aborígenes é dirigida por uma freira renegada, a Irmã Eileen (Cate Blanchett), que na calada da noite recebe um menino órfão de nove anos (Aswan Reid), que parece ter poderes especiais.
Quando o mosteiro toma posse de uma relíquia preciosa, uma grande escultura de Cristo na cruz, o novo menino encontra Jesus pela primeira vez e fica paralisado. Porém, a vida espiritual indígena do menino não combina com o cristianismo da missão e o seu misterioso poder torna-se uma ameaça.
A Irmã Eileen enfrenta uma escolha entre as tradições da sua fé e a verdade incorporada no menino, nesta história de luta espiritual e do custo da sobrevivência.