No último filme da trilogia, o interesse de Alex pelas missões Ninja começa a desvanecer. Ele prefere passar o seu tempo com os amigos e o Ninja sente que está a ser esquecido e está ansioso por se envolver numa nova missão.

O resultado disto é que Alex, por acidente, acaba por ter um conflito com Marco, o namorado bad boy de Jéssica, envolvendo-o num conflito que ele não pediu e é pressionado pelo Ninja para se defender.

Os problemas não abrandam quando Alex se torna amigo da rapariga nova da turma, Emily, deixando Jéssica extremamente ciumenta. Além disso, descobre-se que o seu inimigo Filipe Silva Paes ainda está vivo – e quer vingança!