Dois anos após os acontecimentos de Godzilla Minus One, o Japão do pós-guerra continua a recuperar das devastadoras consequências do conflito.

Quando uma nova e ainda mais destrutiva manifestação de Godzilla mergulha o país novamente no desespero, Koichi Shikishima e a sua família veem-se obrigados a enfrentar uma ameaça que coloca em causa toda a esperança de reconstrução.

Perante um inimigo aparentemente imparável, a humanidade debate até onde está disposta a ir para garantir a sua sobrevivência.