As duas lendas chocam quando os adversários míticos se encontram para uma batalha espetacular, e com o destino do mundo em risco. Kong e os seus protetores começam assim uma jornada para encontrar o seu verdadeiro lar.
Com eles está Jia, uma jovem órfã com quem ele tem um vínculo único e poderoso. Inesperadamente acabam por encontrar no caminho um Godzilla enfurecido, que destrói tudo com o que se cruza no seu caminho.
O confronto épico entre os dois titãs – instigado por forças invisiveis – é apenas o começo do mistério que reside nas profundezas da Terra.