O Professor Jones voltou a casa, à Faculdade Marshall – para descobrir que as coisas foram de mal a pior. O seu amigo íntimo e reitor da faculdade explica que as recentes actividades de Indy o tornaram suspeito e o governo começou a pressionar o estabelecimento de ensino para despedi-lo.

Ao sair da cidade, Indiana encontra o rebelde Mutt, que guarda um certo rancor contra o arqueólogo, mas que lhe traz uma proposta: se ele o ajudar numa missão de carácter pessoal, Indy pode muito bem fazer uma das mais espectaculares descobertas arqueológicas da história – a Caveira de Cristal de Akator, um lendário objecto de fascínio, superstição e terror.

Mas quando Indy e Mutt se dirigem aos recantos mais remotos do Peru – uma terra de túmulos ancestrais, exploradores esquecidos e de uma suposta cidade de ouro – depressa compreendem que não se encontram sozinhos na sua busca. Os agentes soviéticos estão também em perseguição da Caveira de Cristal.