Este segundo capítulo decorre uma década após os eventos de Planeta dos Macacos – A Origem, quando a maior parte da população humana foi aniquilada e uma nação crescente de macacos geneticamente evoluídos, liderados por Caesar, é ameaçada por um grupo de humanos sobreviventes.

Este conflito entre macacos e humanos irá definir qual será a espécie dominante da Terra ou decidir se ambas poderão coexistir.