Mary Lennox (Dixie Egerickx), é uma rapariga de 10 anos nascida na Índia de pais britânicos ricos. Após a súbita morte dos seus pais, Mary é enviada para Inglaterra para morar com o seu tio Archibald Craven (Colin Firth) em Yorkshire, numa remota propriedade rural, sob o olhar atento da Sra. Medlock (Julie Walters).

Mary começa a descobrir os muitos segredos da família, nomeadamente o seu primo debilitado, Colin (Edan Hayhurst), que está confinado a uma ala da casa, e um jardim maravilhoso, isolado e perdido dentro da propriedade da família.

Juntamente com Hector, um cão rafeiro que a conduziu aos muros do jardim, e Dickon, um rapaz local (Amir Wilson) com quem trava amizade, Mary irá descobrir os poderes tónicos deste jardim. Juntas, estas três crianças traumatizadas e ligeiramente desajustadas vão apoiar-se mutuamente e mergulhar nos mistérios do jardim – um lugar de aventura e magia que mudará as suas vidas para sempre.