Através de uma tecnologia revolucionária que desvenda as suas memórias genéticas, Callum Lynch (Michael Fassbender) revive as aventuras do seu antepassado, Aguilar, na Espanha do século XV.

Callum descobre que é descendente de uma misteriosa sociedade secreta, os Assassinos, e que reúne conhecimentos e habilidades extraordinárias para controlar a opressiva e poderosa organização Templários no presente.